Évolution de la mortalité cumulée lors de l’Épidémie de virus Ebola en Afrique de l’Ouest en 2014

Cet article sur l’épidémie de virus Ebola a été rédigé en avril 2014 (ce qui rend certains paragraphes obsolètes) puis agrémenté d’une nouvelle partie en juin 2014 puis en juillet 2014 (en fin d’article) mais pour chacune de ces parties, les données chiffrées et les graphiques résultants sont mis à jour dès que possible jusqu’en 2016.

[Texte publié le 23 avril 2014 et mis à jour le 8 juin 2014]

[Données chiffrées mises à jour le 13 janvier 2016]

Note : depuis le 5 septembre 2014, l’OMS publie (enfin !) régulièrement un rapport de situation qui propose le même type de graphiques que ceux que je fais ici depuis le mois d’avril (avec des cartes en bonus). Je continuerais à faire mes graphiques pour mieux assimiler les données mais sachez donc que ce sera toujours un peu plus frais à cette adresse : Rapports de l’OMS

Préambule : pourquoi m’intéresser à cette épidémie de virus Ebola ?

Je me suis mis à suivre ces évènements et ces chiffres (synthétisés dans le graphique ci-dessous) parce que le virus Ebola est une des maladies virales les plus terribles avec des forts taux de mortalité (jusqu’à 90 %) et a une certaine « aura ». Mais bon, mon premier contact avec la maladie a été le film « Alerte ! » qui m’a marqué suffisamment pour que je tilte à chaque fois que j’entends parler du virus Ebola (c’était pourtant une belle merde…). Loin de moi l’idée de faire du buzz sur cette tragédie (ou d’en profiter) : j’en parle abondamment sur d’autres canaux de discussions plus privés (ex: Facebook) et c’est plus pratique pour moi de stocker ici et mettre à jour les données que je peux tirer de mes lectures sur le net à ce sujet. Et plutôt que de stocker des données brutes et de réserver mes interprétations aux rares personnes qui me suivent sur Facebook, je fais un effort de rédaction sous la forme de l’article que vous commencez à lire.

Comparaison entre les décès liés au virus Ebola et ceux provoqués par le SIDA ou la malariaIl ne faut pas se voiler la face, l’épidémie actuelle d’Ebola, c’est l’arbre qui cache la forêt : le paludisme (malaria) fait plus de 500 000 morts par an alors que le nombre total de décès dus au virus Ebola depuis 1976 ne doit pas excéder 2 000 personnes. Si ces chiffres astronomiques restent trop abstraits pour vous, sachez que, pour rester plus proche de nous et de nos préoccupations quotidiennes, les allergies provoqueraient en France une surmortalité de l’ordre de plus de 20 000 décès par an. Pourquoi je dis ça ? Cette crainte occidentale exacerbée vis à vis du virus Ebola me semble injustifiée. Globalement les africains souffrent d’autres maux plus graves dont cette malaria citée plus haut sans compter les guerres, désastres économiques ou écologiques à propos desquels les occidentaux ne sont pas toujours innocents. Si le destin des africains ne chaut peu au lecteur de passage et que seule sa propre survie ne motive son passage ici, qu’il se rassure : même si le virus Ebola est transmissible d’homme à homme et qu’il est extrêmement virulente, il ne se transmet que par les fluides ce qui fait qu’une fois le malade détecté, les mesures pour protéger l’entourage sont relativement faciles à mettre en œuvre (ce n’est pas moi qui le dit mais un médecin de MSF). Dans ce qui suit, point de pathos ni de sensationnalisme morbide, juste de quoi combler notre besoin de compréhension.

Mortalité cumulée due au virus Ebola en Afrique de l’Ouest depuis janvier 2014

Mortalité cumulée due au virus Ebola dans chaque pays touché par l'épidémie de 2014 à 2016

[6 aout 2014] Ajout de nouveaux graphiques pour chaque pays

Evolution de la mortalité provoquée par Ebola en Guinée-Conakry en 2014-2015

Evolution de la mortalité provoquée par Ebola en Guinée-Conakry

Evolution exponentielle de la mortalité provoquée par Ebola en Guinée-Conakry

Evolution exponentielle de la mortalité provoquée par Ebola en Guinée-Conakry

Evolution de la mortalité provoquée par Ebola au Liberia

Evolution de la mortalité provoquée par Ebola au Liberia

Evolution exponentielle de la mortalité provoquée par Ebola au Liberia

Evolution exponentielle de la mortalité provoquée par Ebola au Liberia

Evolution provoquée par Ebola au Sierra Leone

Evolution provoquée par Ebola au Sierra Leone

Evolution exponentielle de la mortalité provoquée par Ebola au Sierra Leone

Evolution exponentielle de la mortalité provoquée par Ebola au Sierra Leone

Evolution de la mortalité provoquée par Ebola au Nigeria

Evolution de la mortalité provoquée par Ebola au Nigeria

Evolution de l'épidémie d'Ebola au Sénégal

Evolution de l’épidémie d’Ebola au Sénégal

Evolution de l'épidémie de virus Ebola au Congo (RDC)

Evolution de l’épidémie de virus Ebola au Congo (RDC)

Evolution de l'épidémie de virus Ebola aux Etats-Unis

Evolution de l’épidémie de virus Ebola aux Etats-Unis

Evolution de l'épidémie de virus Ebola en Espagne

Evolution de l’épidémie de virus Ebola en Espagne

Evolution de l'épidémie de virus Ebola au Mali

Evolution de l’épidémie de virus Ebola au Mali

Evolution de l'épidémie de virus Ebola au Royaume-Uni

Evolution de l’épidémie de virus Ebola au Royaume-Uni

Ce graphique qui est peut-être un peu fouillis a été construit sur la base des données officielles transmises régulièrement par l’OMS à propos de l’épidémie d’Ebola (EVD pour les intimes) qui sévit depuis le début de l’année 2014 en Afrique de l’Ouest (Guinée et Liberia principalement), la page en anglais est plus régulièrement alimentée que celles dans les autres langues. Les courbes en pointillé représentent le nombre cumulé de malades de l’EVD et en trait plein le nombre de décès associés, ce pour les trois pays où la maladie a été formellement repérée. Quand la courbe augmente, c’est qu’on a identifié de nouveaux cas (ou décès). Quand la courbe stagne, c’est qu’il n’y a plus de nouveaux cas et que l’épidémie s’arrête. Quand la courbe baisse, c’est que des analyses complémentaires ont permis d’infirmer des cas d’infection. Je me suis uniquement basé sur les dates données par l’OMS et les chiffres avérés, j’ai fais abstraction des gens qui ont sont seulement sous observation (parce que ces données, même si elles sont très intéressantes, ne sont pas données suffisamment régulièrement) : le fait est que cette région d’Afrique de l’Ouest est aussi touchée par une autre maladie endémique, la fièvre de Lassa qui atteint pas mal de gens (plus de 300 000 cas dont plus de 5 000 décès par an) mais qui est moins virulente (dans le sens où le taux de mortalité est plus faible) et certains malades/décès sont parfois attribués à Ebola (ou réciproquement) avant que des tests de détection (RT-PCR ou ELISA) confirment ou infirment ça.

Quelques rappels sur Ebola et de l’épidémie actuelle

Comme autre information, pour ceux qui ne suivent pas (à part les chiffres qui sont généralement très récents, ce que je raconte est déjà connu depuis une bonne semaine, c’est du réchauffé) : le virus Ebola est ce qu’on appelle un virus à ARN (-) du genre Filovirus. Son réservoir naturel sont certaines espèces de chauve-souris dont l’habitat couvre l’Afrique centrale et l’Afrique de l’Ouest. La réduction de cet habitat par la déforestation entraine une plus grande proximité avec les habitations et augmente les probabilités de transmission à l’homme. L’épidémie actuelle aurait été initiée en décembre 2013, un jeune enfant aurait contracté cette maladie et la personne qui l’a soigné aurait été atteinte elle aussi et aurait ensuite retransmis le virus jusqu’à ce qu’il se propage en Guinée puis au Liberia et dans une moindre mesure dans le Sierra Leone (deux personnes décédées au Sierra Leone auraient contracté la maladie lors d’un voyage en Guinée, les tests réalisés après ce rapatriement ont dévoilé que l’EVD est à l’origine de leur décès). Il y a des rumeurs de cas suspects au Mali, au Maroc ou au Ghana mais les analyses ont montré que ce n’étaient pas des cas d’Ebola. Actuellement fleurit une rumeur comme quoi un étage d’un hôpital de la région de Pise en Italie serait condamné et abriterait 40 malades d’Ebola mais tout porte à croire que c’est un canular, peut-être même une manipulation politicienne pour que le gouvernement italien prenne des mesures anti-migratoires étant donné que l’ile italienne de Lampedusa est le port d’arrivée et de rétention des immigrants clandestins en provenance d’Afrique au grand dam de la population locale excédée. Cette rumeur aurait trouvé un écho dans la fuite d’une circulaire du ministère italien de la santé qui aurait demandé au personnel hospitalier de Lampedusa de faire particulièrement attention aux immigrants malades. Faut pas être dans le secret des dieux pour deviner que chaque avion en provenance de Conakry doit être particulièrement surveillé dans les aéroports du reste du monde… Le fait que la majeure partie des sites internet qui relayent cette rumeur ont une note médiocre sur Web of Trust me conforte dans mon hypothèse.

Quizz : Avez-vous Ebola ?

http://www.vox.com/2014/9/30/6875459/calm-down-youre-not-going-to-get-ebola

Mon interprétation hasardeuse sur la situation en avril 2014

[Paragraphe obsolète en juillet 2014]

Ces chiffres (ceux que je présente dans le graphique comme les commentaires chiffrés que j’associe) ne veulent finalement pas dire grand chose (à part qu’il y a une épidémie en Guinée et au Liberia) : il y a sans cesse des ajustements en fonction des confirmations/informations de cas par les laboratoires d’analyse, les chiffres réels sont probablement un peu différents et les faibles variations de la courbe sont probablement des ajustements permettant de rapprocher la réalité officielle à la réalité du terrain. Comme on dit, ces écarts entre les chiffres officiels et la réalité du terrain me semblent être de l’ordre de l’épaisseur du trait. il suffit que des résultats concernant d’anciens décès arrivent pour que la mortalité officielle augmente d’un coup. C’est d’ailleurs ce que l’OMS dit dans ses communiqués.

En cette fin de mois d’avril, même si le nombre de malades augmente avec régularité, un béotien comme moi ne peut pas interpréter de manière sure ce qu’il se passe et encore moins où on va : il manque ces données cruciales dont j’ai fait référence plus haut, c’est-à-dire le nombre en temps réel de personnes sous observations. Imaginez que toutes les personnes ayant été en contact avec la maladie ait été mises en quarantaine et que tout risque de propagation soit définitivement écarté, ça n’empêcherait pas la courbe de mortalité cumulée d’augmenter pendant un certain temps. Ce que je veux dire par là, n’en déplaise à certains pessimistes, c’est que les annonces du gouvernement guinéen et de l’OMS (de mi-avril) qui déclarent que l’épidémie est en passe d’être contenue sont quand même cohérentes avec cette augmentation pour l’instant constante de malades et de mortalité. On ne sera en droit de s’inquiéter et de crier à la manipulation que si on n’observe toujours pas de stagnation de cette mortalité à partir de 42 jours après ces déclarations (donc fin mai 2014). A mes yeux, les seuls détenteurs de la vérité sur la situation actuelle, ce sont ceux qui sont en première ligne, les professionnels de santé en Guinée qui voient quotidiennement les malades/suspects arriver (ou pas) à l’hôpital.

Apparemment les difficultés proviennent des craintes de la population guinéenne : quand un cas est avéré/suspecté, les contacts potentiels sont invités à se rendre à l’hôpital pour être mis sous observation mais l’hôpital serait vu par les populations comme des endroits où on contracte la maladie et les contacts présumés ont tendance à ne pas se signaler. Pour contrer cette crainte, un grand effort de sensibilisation est réalisé sur place. Ajoutons à ça le fait que le personnel soignant est particulièrement touché étant donné qu’il est en première ligne. Ca ne doit pas rassurer les patients et encore moins le personnel soignant. Ca me fait penser aux ingénieurs de Fukushima qui sont restés sur place pour refroidir la centrale ou aux ouvriers de Tchernobyl qui sont allés bétonner le réacteur. Ce qui semble rendre l’épidémie difficile à contrôler, c’est que ce soit une nouvelle souche, à 97 % identique à la célèbre souche Zaïre qui a tué le plus de monde jusqu’à présent. 97 %, ça semble suffisamment proche mais j’ai moi même suffisamment étudié des virus pendant ma thèse pour savoir qu’une seule mutation sur 10 000 nucléotides suffit pour rendre une maladie particulièrement agressive. En l’occurrence, si j’ai bien compris, ce n’est pas ça qui se produit : la souche actuelle ne fait « que » 60 % de mortalité (au lieu de 90 %) et cette moindre pathogénicité s’accompagnerait malheureusement par un temps d’incubation plus long (ce qui explique après coup comment le patient n°2 a pu contaminer des gens aussi longtemps après avoir été infecté par le patient n°1). C’est inquiétant, en tout cas ça m’inquiète : les spécialistes disaient ces derniers mois que la « faiblesse » d’Ebola, c’est qu’il tue trop rapidement pour que la maladie se répande. Et là c’est le contraire qu’on observe…

Je tiens à signaler que malgré ma thèse en virologie, je ne suis pas du tout spécialiste d’Ebola loin de là ! Tout ce que j’expose ici n’est qu’interprétation d’informations de seconde main et de lectures assidues d’actualités et articles de fond sur le sujet. Je ne suis pas à l’abri d’une erreur de jugement, ne prenez pas mes réflexions pour parole d’évangile. D’ailleurs, si un épidémiologiste passe par là pour apporter de l’eau à mon moulin ou pour démentir tout ou partie de ce que j’ai raconté, il est le bienvenu.

Voilà pour l’instant, je ne pense pas refaire un article sur le sujet, je me contenterais de mettre celui-ci à jour.

Evolution mensuelle de l’épidémie, pays par pays

[Ajouté le 5 janvier 2015 2014]

Evolution mensuelle de l'épidémie de virus Ebola dans le monde

Evolution mensuelle de l’épidémie de virus Ebola dans le monde

Evolution mensuelle de l'épidémie de virus Ebola en Guinée-Conakry

Evolution mensuelle de l’épidémie de virus Ebola en Guinée-Conakry

Evolution mensuelle de l'épidémie de virus Ebola au Liberia

Evolution mensuelle de l’épidémie de virus Ebola au Liberia

Evolution mensuelle de l'épidémie de virus Ebola au Sierra Leone

Evolution mensuelle de l’épidémie de virus Ebola au Sierra Leone

Evolution mensuelle de l'épidémie de virus Ebola en République Démocratique du Congo

Evolution mensuelle de l’épidémie de virus Ebola en République Démocratique du Congo

Evolution mensuelle de l'épidémie de virus Ebola en Espagne

Evolution mensuelle de l’épidémie de virus Ebola en Espagne

Evolution mensuelle de l'épidémie de virus Ebola au Mali

Evolution mensuelle de l’épidémie de virus Ebola au Mali

Evolution mensuelle de l'épidémie de virus Ebola au Nigeria

Evolution mensuelle de l’épidémie de virus Ebola au Nigeria

Evolution mensuelle de l'épidémie de virus Ebola au Royaume-Uni

Evolution mensuelle de l’épidémie de virus Ebola au Royaume-Uni

Evolution mensuelle de l'épidémie de virus Ebola au Sénégal

Evolution mensuelle de l’épidémie de virus Ebola au Sénégal

Evolution mensuelle de l'épidémie de virus Ebola aux Etats-Unis

Evolution mensuelle de l’épidémie de virus Ebola aux Etats-Unis

Evolution hebdomadaire de l’épidémie d’Ebola, pays par pays

[Ajouté le 8 juin 2014]

En ce début du mois de juin 2014 advient une reprise de l’épidémie d’Ebola : d’abord en Guinée Conakry puis au Sierra Leone qui était jusque là épargné (si on fait abstraction des deux personnes décédées en Guinée mais inhumées au Sierra Leone). Le graphique précédent devient un peu plus complexe et je préfère ajouter des petits graphiques spécifiques à chaque pays dans lesquels ont été détectés des cas de virus Ebola :

Evolution hebdomadaire des nouveaux cas de malades et de décès dans le monde

Evolution hebdomadaire des nouveaux cas de malades et de décès dans le monde

Nombre de malades et de décès dus au virus Ebola survenant chaque semaine en Guinée-Conakry

Nombre de malades et de décès dus au virus Ebola survenant chaque semaine en Guinée-Conakry

Nombre de malades et de décès dus au virus Ebola survenant chaque semaine en Sierra Leone

Nombre de malades et de décès dus au virus Ebola survenant chaque semaine en Sierra Leone

Nombre de malades et de décès dus au virus Ebola survenant chaque semaine au Liberia

Nombre de malades et de décès dus au virus Ebola survenant chaque semaine au Liberia

Evolution hebdomadaire des nouveaux cas de malades et de décès au Nigeria

Evolution hebdomadaire des nouveaux cas de malades et de décès au Nigeria

Evolution hebdomadaire des nouveaux malades et décès dus à Ebola au Sénégal

Evolution hebdomadaire des nouveaux malades et décès dus à Ebola au Sénégal

Evolution hebdomadaire des nouveaux cas et décès dus à Ebola en république démocratique du Congo (Congo-Kinshasa)

Evolution hebdomadaire des nouveaux cas et décès dus à Ebola en république démocratique du Congo (Congo-Kinshasa)

Evolution hebdomadaire des nouveaux malades et décès dus au virus Ebola aux Etats-Unis (USA)

Evolution hebdomadaire des nouveaux malades et décès dus au virus Ebola aux Etats-Unis (USA)

Evolution hebdomadaire des nouveaux malades et décès dus au virus Ebola au Mali

Evolution hebdomadaire des nouveaux malades et décès dus au virus Ebola au Mali

Evolution hebdomadaire des nouveaux malades et décès dus au virus Ebola au Royaume-Uni

Evolution hebdomadaire des nouveaux malades et décès dus au virus Ebola au Royaume-Uni

Contrairement au premier graphique qui montre la mortalité cumulée jour après jour, ces trois derniers graphiques présentent le nombre de cas (malades et décès) survenus chaque semaine depuis la semaine 13 (en mars 2014). « Survenus » n’est pas le mot exact, il faut plutôt dire « détectés ». En effet, les personnes suspectées d’être infectés par le virus font l’objet de tests de détection (PCR, ELISA) et lorsque ces tests montrent finalement que certaines personnes n’étaient finalement pas infectées par Ebola mais par une autre maladie, les chiffres diminuent jusqu’à parfois devenir négatifs. Pour cette raison, concernant mes graphiques (d’autres personnes peuvent sans problème en faire de meilleurs), il vaut mieux d’intéresser aux tendances :

Guinée : Il y a trois pics de mortalités dans mon graphique, un au début qui reflète l’évolution de la maladie avant la semaine 13. Un pic en semaine 16 qui, alors que les opérations de lutte contre la maladie se mettent en place, reflète à mon sens plutôt une amélioration de la détection plutôt qu’une recrudescence. En revanche, le pic de la semaine 22 (actuellement) est une mauvaise nouvelle : alors qu’il y avait de moins en moins de cas détectés et que la fin de l’épidémie était envisagée, de nombreux cas surviennent. D’après les sources consultées, il semble qu’une frange de la population soit réticente aux soins…

Sierra Leone : alors qu’on observe une recrudescence d’Ebola en juin 2014 en Guinée, l’épidémie semble avoir passé les frontières et se propager dans le pays limitrophe, le Sierra Leone. La mortalité est encore faible mais au vu de la mortalité observée en Guinée (60%), il faut s’attendre à une brusque augmentation dans les semaines à venir.

Liberia : le pays a subit un début d’épidémie au mois de mars 2014 avec de nombreux cas qui ont été ensuite imputés à d’autres maladie (cf. pic négatif de la semaine 18). On observe quelques cas en juin mais rien qui ne soit de l’ampleur des crises similaires à la Guinée et au Sierra Leone.

Rythme de propagation de l’épidémie de Ebola en Afrique de l’Ouest

[Ajouté le 14 juillet 2014]

Rythme de propagation du virus Ebola pendant l'épidémie de 2014-2015

Rythme de propagation du virus Ebola pendant l’épidémie de 2014-2015

Evolution de la mortalité cumulée en Afrique de l'Ouest (et quelques autres pays touchés par Ebola), échelle logarithmique

Evolution de la mortalité cumulée en Afrique de l’Ouest (et quelques autres pays touchés par Ebola), échelle logarithmique

Voici un graphique basé sur la mortalité cumulée dans les trois pays touchés par l’épidémie de virus Ebola. On observe [le 14 juillet 2014] 4 parties :

  • mars – avril 2014 : La première crise en Guinée qui fait près de 150 victimes. Quelques rares cas au Liberia.
  • avril – mai 2014 : la première accalmie en Guinée, le nombre de malades détectés diminue. L’attention se relâche.
  • juin 2014 : la deuxième crise en Guinée. Extension de l’épidémie au Sierra Leone et dans une moindre mesure au Liberia. Le relâchement de l’attention des autorités sanitaires de Guinée-Conakry permet l’émergence de nouveaux cas avec des fuites dans les régions frontalières au Sierra Leone où la maladie se répand rapidement puis au Liberia.
  • juin – juillet 2014 : Accalmie en Guinée-Conakry (malgré les assertions des médias sociaux qui proclament la situation intenable en Guinée). Accélération de l’expansion de l’épidémie au Sierra Leone (avec un premier cas dans la capitale mi-juillet) et au Liberia.

Liens utiles

Page dédiée sur le site de l’Organisation Mondiale de la Santé (WHO)

Centre Européen pour le Contrôle et la Prévention des Maladies (ECDC) (tout ce qui concerne l’épidémie sur leur site)

Le site du CDC (américain ?) qui relaie les informations de l’OMS

Le site de Médecins Sans Frontière (MSF) qui bosse avec le gouvernement de la Guinée (pages relatives à l’épidémie actuelle)

La page du site du ministère de la santé qui est dédiée (avec toute une liste d’autres liens officiels mais moins utiles pour se tenir au courant)

Actualités sur Twitter (beaucoup de travail pour trier le bon grain de l’ivraie…). Je ne mets pas les actualités Google, elles sont inutiles si vous suivez les liens précédents dans la mesure où les médias traditionnels mettent plusieurs jours pour restituer ne serait-ce que les annonces officielles de l’OMS.

Ebola, c’est quoi ? Article de Daniel Glazman présentant Ebola et les autres virus du genre Filovirus auquel appartient le virus Ebola

Ebola, une épidémie qui ne doit rien au hasard, par Marius Gilbert (sur le blog de Paul Jorion), un article sur les « origines du virus ».

9 comments for “Évolution de la mortalité cumulée lors de l’Épidémie de virus Ebola en Afrique de l’Ouest en 2014

  1. SZTYM
    21 octobre 2014 at 19 h 46 min

    Bonjour Thomas
    Je suis professeur de SVT à l’île de la Réunion et les graphiques que tu proposes sur ce blog m’ont été utiles pour construire (avec d’autres docs du web) ce qu’on appelle dans notre jargon une « tâche complexe » de niveau troisième sur la transmission / contamination / progression de la fièvre hémorragique à Ebola en Afrique de l’Ouest peu après la rentrée des classes. J’utilise régulièrement tes graphiques clairs et mis à jour pour faire comprendre qu’aucune zone de notre large territoire métropolitain et extra marin ne peut ignorer cette épidémie. ll y a tout de même eu notre ministre de la santé, Mme Tourraine, qui pensait que nous ne courrions aucun risque il y a encore quelques mois de cela. Les 9 centres hospitaliers français récemment aménagés pour traiter Ebola montrent qu’on a rapidement changé de mentalité en haut lieux.
    Cette activité permet à mes élèves d’être plus proches de l’actualité voire de suivre cette maladie en « live » (en espérant que cela ne se transforme pas en pandémie). Il était évident qu’il ne fallait pas que je passe à côté d’Ebola en zappant ce qui me paraît plus judicieux à aborder habituellement : la grippe saisonnière. En 2006, j’avais choisi le chikungunya qui avait psychologiquement et durement atteint La Réunion. Plus de 30 % des réunionnais avait été atteint après extrapolation (266000 cas pour un peu moins de 800000 habitants). Cette maladie quoique invalidante a tué dans 1 cas pour 1000 (280 morts environ).
    Merci encore

    • 24 octobre 2014 at 12 h 11 min

      Merci pour ton retour qui me fait énormément plaisir. Beaucoup de monde (francophone mais aussi anglophone grâce à la traduction que j’ai proposé) vient lire cet article mais sans retour d’aucune sorte, je n’ai aucune idée de l’intérêt que peut avoir mon article (ou plutôt mes graphiques) pour les lecteurs de passage.

      Je renouvelle d’ailleurs à cette occasion mon invitation auprès de mes lecteurs à poster des critiques constructives susceptibles d’améliorer la qualité de ce que je vous présente.

      Pour revenir à ton commentaire, même si je critique le catastrophisme dans lequel se complaisent les prévisionnistes de tout poil dans mon autre article (http://www.thomas.guiraud.co/this-is-how-the-ebola-epidemic-might-spread-if-its-not-contained/) et même si je continue à relativiser, comme je le disais dès Avril 2014 dans le présent article, la crise d’Ebola par rapport aux autres épidémies qui sévissent ici et là, je crois toujours que c’est une affaire sérieuse qui nous menace potentiellement tous (pas tous au sens strict mais qu’aucune population n’est à l’abri). A l’opposé de la grippe porcine dont on nous avait rabattu les oreilles il y a quelques années de ça. Ce qui me permet de craindre quand même Ebola, c’est ce qu’il se passe actuellement, même en octobre 2014, au Liberia : même si la crise a l’air de se tasser (je suis à la bourre dans la publication des graphiques mais on le voit déjà avec ceux de la semaine dernière), le nombre de décès dus à Ebola est en passe de surpasser le cumul des décès dus à la malaria ET au SIDA. Même prise individuellement, ces deux maladies ne peuvent être prises à la légère et sont un fléau pour les populations touchées. Qui oserait nous dire que ce ne sont que des détails de l’histoire ou ce genre de chose ? Ebola est pire que ces deux fléaux cumulés si le système de santé de la population concernée n’a pas assez de répondant. Imaginons que la mortalité soit divisée par 10 ou même tombe à 1 % (soyons magnanimes !) grâce aux nouveaux traitements, il semble que le virus soit potentiellement sexuellement transmissible pendant près de 2 mois après la guérison : voyez vous le tableau qui se dessine ? Le SIDA est apparu dans les années 20 pour ressurgir dans les années 80 après avoir rampé de victime en victime dans les villages du Zaïre. Si cette épidémie virus Ebola (ou les autres à venir) n’est pas proprement éradiquée, devient endémique en n’affectant que les populations d’Afrique de l’Ouest, c’est une promesse qui nous est faite.

      La malaria, le chikungunya sont des maladies qui trouvent leur « succès » dans une transmission relativement fréquente de l’animal à l’homme. Je ne suis pas certain qu’on puisse en venir définitivement à bout. J’en sais rien en fait, je suppose que les vaccins sont très difficiles à faire et que la lutte se porte plutôt sur les traitements curatifs.

      Pour revenir sur mon article ou plutôt sur mon activité qui consiste à suivre en live l’épidémie (en incluant celle du Congo, je me plais à croire que ses victimes ne se consolent pas tellement du fait que la souche qui leur ravage les boyaux soit différente de celle de Guinée…), l’intérêt que je trouve (outre l’émergence d’une épidémie qui pourrait me menacer moi et mes proches), c’est la curiosité scientifique. Je ne suis pas certain qu’on puisse suivre en direct l’émergence d’une autre maladie aussi « facilement » identifiable (à l’opposé de la fièvre de Lassa qui a les mêmes symptômes mais dont les tests de diagnostics ne sont pas faits de manière systématique). Dans le même ordre d’idée, les scientifiques travaillent encore pour étudier le scénario initial de l’épidémie de HIV avec des enjeux qui vont au-delà de cette épidémie. Les données recueillies sur Ebola (je ne parle pas des miennes, je ne recueille rien finalement, je mets en forme. Je ne tente même pas de prédire, je ne sais pas faire) serviront pour les stratégies à mener pour d’autres maladies.

      • Pascal
        13 novembre 2014 at 19 h 56 min

        Bonjour Thomas,

        Toutes mes félicitations pour ton blog que je consulte régulièrement. De tous ceux que je connais, il est le seul a donner une vue d’ensemble accessible en Français ( celui de l’OMS est moins clair).
        J’ai travaillé trente ans dans l’industrie pharmaceutique et j’ai donc un peu l’habitude d’analyser des chiffres dans le domaine médical. A mes yeux la seule valeur qui donne une vraie vision de ce drame sont les courbes qui montrent l’évolution du nombre de cas cumulés par rapport au temps.
        Tu es le seul à le faire, et tu le fait très bien. Un grand bravo!
        Les courbes sont malheureusement en progression exponentielles, dans 3 pays et cela fait froid dans le dos. C’est peut-être pour cela qu’on ne les trouve pas ailleurs. Si on fait des projections dans le futur on voit qu’on va dans le mur. Les media français ne parlent plus d’Ebola. Malheureusement ce n’est pas avec la politique de l’autruche qu’on résoudra ce problème. Les courbes le montrent, l’épidémie s’amplifie.
        Que faire? A mon petit niveau j’ai agi en faisant des dons à MSF.
        Je t’encourage à continuer. Ton blog est utile. Ne serait-ce que pour nous faire prendre conscience.
        Merci et bonne continuation

        • 14 novembre 2014 at 13 h 22 min

          Merci pour tes encouragements !

          Ton commentaire a fini de me convaincre de diffuser certains graphiques à l’échelle logarithmique que je faisais pour mon propre usage. Pendant un temps, j’ai publié le graphique pour le Liberia mais je l’ai enlevé parce qu’il n’y avait justement plus de progression exponentielle (ce qui fait écho aux annonces de l’OMS de ces dernières semaines). Gasp, trois graphiques de plus diffuser à chaque mise à jour… >_< Je ne me plains plus comme au printemps dernier quand il n'y avait que deux ou trois mises à jours par semaine.

          Bon, je voudrais faire quelques remarques : les rapports de l'OMS contiennent d'autres informations cruciales que je ne diffuse pas. Les cartes régionales sont précieuses parce qu'elles donnent une autre dimension à ces données. Mes courbes ne permettent que de voir ce qui s'est passé ces derniers temps, une tentative de prédiction doit tenir compte de la densité de population, de la répartition géographique (données fournies par ces cartes) mais aussi de la situation des personnels soignants dont l'action doit conditionne directement la suite des évènements (données fournies par le rapport de l'OMS).

          Concernant la situation de ces dernières semaines, comme on peut le deviner à cause des hausses et baisses brutales de la mortalité cumulée, la situation doit être floue sur le terrain. Et si elle est floue sur le terrain et pour les statisticiens de l'OMS, elle l'est encore plus pour nous autres, commentateurs. Sur cette base, on n'a scientifiquement pas le droit de sur-interpréter ces données, notamment d'affirmer avec certitude un avenir apocalyptique (ni idyllique d'ailleurs).

          La situation en Guinée-Conakry : certes la situation a empiré depuis la fin du mois d'aout (alors que le pays avait géré les deux pics d'avril et de juin) mais le nombre de malades est bien plus faible qu'au Sierra Leone et au Liberia. Je soupçonne que la maladie se propage moins vite parce qu'elle est plus agressive qu'ailleurs (60% de mortalité).

          Justement, au Liberia, là où je craignais que tout allait basculer, la situation n'empire plus autant qu'au mois d'octobre. J'attends de voir ce qu'il va se passer dans les semaines à venir, il y a récemment une hausse brutale de cas d'infection mais elle n'est pas corrélée avec une hausse de la mortalité. Il y a peut-être à la fois un affaiblissement de l'épidémie provoquée par la souche qui touche le pays depuis juillet (avec une mortalité de 60%, provenant probablement directement de Guinée-Conakry) et une nouvelle épidémie provenant du Sierra Leone où la mortalité est plus faible (25% de mortalité). C'est peut-être dû à des erreurs de diagnostic comme ça a apparemment eu lieu ces dernières semaines au Sierra Leone justement.

          Quant à la situation au Sierra Leone, il y a quelques semaines, ils ont lancé une opération de recensement des malades qui a fait monter la courbe des personnes infectées. Ajoutons à ça les erreurs de diagnostic qui ont récemment été annoncées (peut-être des cas de fièvre de Lassa, endémique dans le pays) et on peut douter de la recrudescence observée ces derniers temps : comme je le disais déjà dans la première version de mon article, cette accélération n'est peut-être qu'un ajustement entre les statistiques qui collent désormais à la réalité. Mais si je crains moins qu'auparavant la situation en Guinée et au Liberia, je me demande si tout ne se joue pas actuellement au Sierra Leone. Je m'explique : le taux de mortalité global (20-30% ces derniers mois) est le même que le taux de mortalité fiable (nombre de décès confirmés divisé par le nombre de malades confirmés. Ce faible taux de mortalité ne s'explique donc pas par l'accumulation de l'épidémie d'Ebola et d'une autre fièvre hémorragique (fièvre de Lassa) qui viendrait fausser les statistiques. La souche d'Ebola qui sévit au Sierra Leone est donc soit moins pathogène (20% c'est quand même ahurissant) soit moins facile à détecter (mutante au niveau des marqueurs sérologiques ou génétiques qui permettent de la détecter), soit les deux. D'après ce que je sais, plus un virus passe de porteur en porteur, moins il devient pathogène (= taux de mortalité qui diminue) au point de devenir commensal (= l'espèce porteuse ne souffre plus de symptôme et devient porteuse saine) mais avec l'effet secondaire qu'il est plus infectieux (= infecte plus de personnes). C'est ce gain théorique d'infectiosité qui me fait tiquer, pas "l'exponentialité" de mes courbes.

          • Pascal
            14 novembre 2014 at 13 h 55 min

            Chouettes graphiques avec les échelles logarithmiques! Du beau boulot intéressant. Je vois que tu as ajouté deux graphes pour le Mali. Hélas la situation y parait mal partie. Voir l’article récent de RFI à http://www.rfi.fr/afrique/2min/20141112-mali-troisieme-cas-ebola-soupconne-clinique-bamako-quarantaine-oms/. Cela sent le cafouillage et la panique.Une partie du personnel soignant fuit!

            • 14 novembre 2014 at 14 h 40 min

              J’espère que les occidentaux situés dans les pays à proximité vont se bouger : le Mali, niveau démographie, c’est déjà un cran au-dessus par rapport aux trois pays touchés. Et la situation politique ne va pas améliorer ça…

            • 14 novembre 2014 at 15 h 07 min

              Du coup, j’ai rajouté un autre graphique tout à la fin : l’accumulation de la mortalité et des cas de virus Ebola… à l’échelle logarithmique (Log10 comme pour les autres). Histoire de mieux voir le rythme de la propagation. C’est édifiant, malgré les courbes qui crèvent le plafond, on constate ainsi la décélération dont l’OMS parle. D’ailleurs, la courbe mondiale ressemble beaucoup à la courbe du Liberia renforçant l’idée que jusqu’à maintenant, même si tout à commencé en Guinée-Conakry, le coeur de l’épidémie se situe au Liberia. Espérons que la tendance se confirmera en dépit des craintes que j’ai soulevée dans un de mes précédents commentaires.

  2. Grégory
    28 octobre 2014 at 17 h 59 min

    Bonjour Thomas,

    Merci pour ton article qui est très bien écrit et découpé pour comprendre facilement les chiffres sur EBOLA et son évolution.

    Réalises-tu également des pronostiques sur les semaines et mois à venir ?

    Bonne semaine.

    • 31 octobre 2014 at 22 h 35 min

      Bonjour Grégory,

      Malheureusement, je ne peux décemment pas faire de pronostic, de modélisation, je n’ai pas les compétences. Et ceux qui les ont ne sont pas à l’abri d’erreur : la situation est complexe, elle dépend de la situation à tel moment dans chacun des pays touchés (je pense surtout aux trois pays les plus touchés, les autres, c’est à la marge), du ressenti des populations, de l’état des personnels soignants.

      Je crois que je ne me trompe pas tellement en disant que tant qu’il y a des malades suspects dans la nature, on n’est pas à l’abri d’une reprise. En Guinée, ils ont cru avoir réglé l’affaire en été mais le relâchement a provoqué la rechute dont on suit les conséquences à l’heure actuelle. Il suffit d’un cas non contrôlé.

      Ce qu’il faut regarder comme signe de réelle expansion, c’est la façon dont c’est géré dans les autres pays limitrophes. Au Nigeria, ils ont géré et une épidémie là-bas était une bombe (à cause de la situation politique, de la population de 118 millions d’habitants, etc.). Ca et la santé des personnels soignants : mine de rien, il y a toujours plus de morts, de malades et je ne suis pas sûr que le nombre de personnels soignants et de lits augmentent à la même vitesse.

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