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Avant Propos

Bonjour, ceci est la nouvelle version 2016 du site ProtoWiki qui a été initialement créé en Septembre 2008.

ProtoWiki (ainsi que ses prédécesseurs) a été réalisé au départ dans un but strictement personnel pour diffuser plus facilement les modes opératoires que j'utilise (ou que je connais) et gagner une certaine interactivité avec les utilisateurs : plus la peine de fouiner dans les méandres de mon disque dur (pour ceux qui y ont accès) ou de décrypter mon écriture sur mes vieux cahiers de laboratoire manuscrits pour trouver le protocole adéquat. De plus, si vous trouvez une faille dans un mode opératoire, si vous avez une remarque ou des informations supplémentaires à ajouter, il sera toujours possible pour vous de le signaler ou carrément de le modifier vous-même.

Tel qu'il est, libre à vous de le consulter, de l'utiliser, d'y intervenir... Ou, si sa forme et sa gestion ne vous conviennent pas, libre à vous de vous en inspirer pour créer votre propre Wiki pour l'équipe, l'UMR ou que sais-je encore.

Ce qui change avec cette version par rapport à la précédente est notamment la disparition de la fenêtre d'identification à l'ouverture du site qui palliait un manque de sécurité du système MediaWiki sous lequel tournait la première version de ProtoWiki. Cette fenêtre n'existe plus mais en échange, vous avez l'obligation de vous inscrire pour accéder aux diverses pages du site. Certaines pages ont un degré de protection supplémentaire (protocoles ou données confidentielles) et vous ne pouvez y accéder que si vous faites partie d'un groupe donné. L'autre fonctionnalité marquante est la possibilité d'utiliser un éditeur de texte plus pratique, n'importe qui peut rédiger/modifier une page sans connaître le code Wiki et peut simplement copier/coller une page Word ou une sélection depuis un PDF.

Thomas Guiraud

Fonctionnement et vie du site

Il y a plusieurs manières d'utiliser ce site : vous pouvez être demandeur de contenu ou fournisseur de contenu (ou les deux à la fois).

Même si vous êtes un simple demandeur de contenu (accès à un protocole, à une fiche produit, à l'actualité d'un projet), il est indispensable de vous inscrire sur le site et de faire valider votre profil (de montrer patte blanche). Sans ça, vous n'aurez accès qu'aux modes opératoires les plus simples qui sont d'ailleurs accessibles ailleurs sur internet. L'inscription est de votre fait mais c'est moi qui valide votre profil. La validation de votre profil consiste à vous reconnaitre (via votre identifiant et votre email) et à vous attribuer un groupe qui correspond votre équipe de recherche (INRA, Bordeaux Sciences Agro, etc.). Il faut savoir que certains protocoles sont confidentiels même s'ils sont déjà publiés : ils contiennent des petits coups de main, des détails techniques qui ont parfois vocation à rester exclusifs à une équipe de recherche.

Si vous êtes un fournisseur de contenu (parce que vous avez besoin d'héberger des informations dans le cloud et/ou de les partager avec des collègues), sachez qu'il vaut mieux s'inscrire aussi. Notamment si votre contenu est confidentiel et que vous voulez y accéder par la suite. En terme de confidentialité, je m'engage à la respecter mais sachez toutefois que j'ai accès à tout, je suis webmaster. Et un webmaster est quasiment tout puissant et omniscient sur son propre site. L'intérêt pour le fournisseur de contenu de participer à ce site, ce n'est pas de simplement héberger du texte comme on pourrait le faire sur un dropbox mais de le connecter à d'autres contenus (exemple : rédiger un projet et faire un lien vers tel ou tel protocole d'extraction et de PCR). Voici ce que je vous propose :

  • Vous n'avez pas envie de vous impliquer plus que ça mais vous voulez qu'on héberge une fiche de mode opératoire, de produit, de projet sur ce site : vous pouvez m'envoyer directement un email à thomas@guiraud.co. J'ajouterai une ligne dans une liste de contenu à fournir et si on a le temps, on le fournira.
  • Ceux qui ont du contenu à fournir créent une nouvelle page et y copient/collent rapidement ce mode opératoire avec la mise en forme à votre disposition (on peut copier/coller d'un fichier Word ou PDF). L'information est là, le minimum est fait, on reviendra sur la forme (mise en page, créations de liens) et le fond plus tard.
  • Ceux qui ont le temps et l'envie reprennent la mise en forme des modes opératoires déjà présents. Moins pour améliorer l'esthétisme de l'ensemble que pour relier convenablement les articles les uns aux autres et faciliter la navigation. Je ferais une liste des pages à mettre en forme.
  • Ceux qui veulent améliorer les modes opératoires (pas leur mise en forme mais sur le fond) peuvent se rendre sur la page en question, lancer des discussions dans les commentaires et/ou proposer des modifications. Là aussi, je ferais une liste des pages à inspecter sur le fond.
  • Quelle que soit l'utilisation que vous souhaitez faire, si vous êtes perdu, si vous avez un commentaire, une critique, etc. N'hésitez pas à me contacter par email (thomas@guiraud.co).


Pour faire ça vous avez besoin de savoir :

 

Sommaire

  1. Liste de modes opératoires
    1. Microbiologie
    2. Biologie Moléculaire
    3. Biotechnologie végétale
  2. Liste de produits couramment utilisés et fournisseurs préférés (faible intérêt depuis l'existence de l'UGAP)
  3. Liste des milieux, tampons et solutions courants utilisés dans les protocoles
  4. Souches de bactéries disponibles (surtout à l'équipe ORFE de l'UMR 1332)
  5. Plasmides disponibles (surtout à l'équipe ORFE de l'UMR 1332)
  6. Amorces disponibles (surtout à l'équipe ORFE de l'UMR 1332)
  7. Nos sites et logiciels favoris
  8. Travaux et projets en cours (ou sommeil)
  9. Extras