Comment créer une variété de tomate OGM au goût mortel ?

…Ou « L’Attaque des tomates tueuses, Reloaded »

Nan, je ne vais pas parler de cinéma, c’est juste une petite étude de faisabilité ; un petit billet exotique pour passer le temps :D

Vous prenez cette plante, le ricin (Ricinus communis aussi appelé « Castor bean plant » en anglais) que vous achetez des graines sur eBay. Elle produit, entre autres, une toxique mortelle appelée « ricine » (6000 fois plus toxique que le cyanure d’après wikipedia). Ca pose d’ailleurs un problème sanitaire puisque des gens font pousser cette saloperie et que des enfants peuvent bouloter des graines ou les feuilles (on appelle ça jouer au Prix Darwin).

Une fois qu’on a les graines en main (gantée), on peut commencer directement ou faire pousser pour récupérer quelques feuilles et en extraire l’ADN (une formalité en laboratoire). Ou au pire, vous faites une extraction d’ARN totaux à partir des embryons des graines puis une synthèse d’ADNc. C’est un poil plus chiant mais ce n’est pas grand chose non plus (1-2 jours au lieu de quelques heures). Je propose ça parce qu’il se peut qu’il y ait des introns dans les séquences ADN qui peuvent gêner la suite des opérations. Pour les profanes, l’ADN est la forme de stockage de l’information génétique d’un individu sous sa forme la plus brute, l’ARN est une retranscription de l’ADN sous une forme utilisable et lisible, la plupart du temps fortement modifiée (voir introns/exons), parfois peu abondant et surtout moins stable une fois qu’on l’a extrait et qui nécessite quelques modifications in vitro pour le rendre « lisible » lors des manipulations qui suivent.

Vous allez piocher les séquences sur les bases de données de Pubmed pour dessiner des amorces PCR. La molécule de ricine est composée de 2 sous-unités, la A qui a un rôle structurel et la B qui a le rôle toxique. La B peut peut-être suffire mais peut-être que la A améliore sa diffusion. Dans le doute, fouillez dans les données de séquençage total du Ricin (puisque cette plante a été totalement séquencée, je pense qu’il y a des plantes plus intéressantes que ça mais bon, c’est la mode ces dernières années de séquencer tout ce qui est vert) pour chopper les gènes puis les séquences codant pour les deux sous-unités. Designez quelques séries d’amorces PCR (je vous renvoie à l’article de wikipedia pour comprendre comment fonctionne ces petits outils qui nous permettent d’amplifier une séquence spécifique, ici un gène, à partir d’un petit échantillon d’ADN génomique ou d’ADNc qui contient énormément de séquences sans intérêt) pour amplifier ces séquences et les cloner (« cloner » en biologie moléculaire n’a pas exactement le même sens que dans le langage courant. Ca consiste à isoler et amplifier une séquence donnée pour l’insérer dans une bactérie utilitaire qu’on peut multiplier, stocker et manipuler facilement. Ainsi cette séquence donnée disponible ad vitam eternam pour le laboratoire et la communauté scientifique qui n’aura plus besoin de refaire les manipulations en amont qui sont souvent très chiantes). Donc la recherche de séquence, le design des amorces et leur achat sont des formalités pour un laboratoire. Le plus long est l’arrivée du colis.

Ensuite on passe à la partie difficile, au clonage proprement dit : on amplifie les séquences des deux sous-unités et on les insère dans une bactérie de stockage. Le souci c’est que plus la séquence à amplifier est longue, plus elle est difficile à amplifier en quantité suffisante. De même, plus un ARN est rare et plus il est difficile de l’amplifier. Ajoutez à ça que certains paramètres d’amplification et d’insertion dans la bactérie ne sont pas parfaitement maitrisables par l’expérimentateur… Cette étape est souvent une répétition d’essais-erreurs jusqu’à l’obtention de ce qu’on désire. Ca marche parfois du premier coup et parfois pas. Le biologiste moléculaire vétéran a appris a relativiser alors que le débutant, le stagiaire, stresse/rage/peste/déprime parce que cette étape ne fonctionne pas comme dans les bouquins. Ceci dit, ces dernières années, les avancées technologiques font que c’est de moins en moins le cas. Disons que cette étape n’est pas un réel souci pour un biologiste dont c’est la spécialité.

Strategies and steps in cloningVoilà, les séquences A et B de la ricine sont clonées chacune dans leur vecteur. Moi, j’utiliserai le système Gateway pour les mettre ensuite dans un vecteur d’expression dans la plante sous un bête promoteur constitutif. Le système Gateway, c’est juste une stratégie de clonage propriétaire assez versatile. Un vecteur d’expression, c’est un long fragment d’ADN dans lequel on insère la séquence d’intérêt et qui nous permet ensuite de l’insérer dans l’organisme que l’on souhaite (une souris, une bactérie, une levure, du maïs… une tomate). Chaque organisme est sensible à un type de vecteur donné. Il y a une profusion de vecteurs commerciaux ou faits maison, plus un organisme est étudié et plus on a des vecteurs pour des applications spécifiques. Dans mon cas d’étude, je n’envisage qu’une méthode simple et bourrine qui consiste à utiliser un vecteur tout venant (pK2GW7, pMDC32) pour transférer un gène dans la plupart des plantes de manière à ce que le gène s’exprime dans toute la plante. Une séquence d’ADN seule ne peut rien faire, il faut lui adjoindre une séquence accompagnatrice, un promoteur, qui permet d’imposer le moment, l’organe et le niveau d’expression. Pour les plantes, on utilise couramment le promoteur du gène codant pour la protéine 35S du virus de la mosaïque du chou-fleur. C’est un virus de plante, du chou-fleur entre autres, qui parasite la cellule de la plante et en utilisant sa machinerie interne pour exprimer ses propres gènes viraux dont une protéine dite 35S (ou protéine VI) qu’il exprime très très fortement pour saturer tout le système. Les chercheurs ont étudié ce virus et déterminé comment il fonctionne et ils ont utilisé la séquence de ce virus, une partie de son code génétique, pour l’exploiter dans un autre contexte, celui des vecteurs d’expression dans les plantes. Et ça fonctionne très bien. Comprenez qu’on ne prend que ce promoteur de virus, pas le gène viral exprimé par ce promoteur. Donc le système Gateway et le vecteur utilisé, c’est du tout venant, les laboratoires de biologie végétale utilisent ça en routine et on en trouve partout dans le commerce spécialisé.

On a donc les vecteurs d’expression avec les gènes d’intérêt. L’étape suivante parait compliquée mais elle ne l’est pas : on transfère ces vecteurs à des bactéries (Agrobacterium tumefasciens, Agro pour les intimes) qui peuvent transférer les gènes à la plante. Normalement, on ne transfère qu’un gène à une plante mais pour la tomate, on peut faire le bourrin : transférer chaque vecteur dans une bactérie, cultiver les bactéries indépendamment, mélanger les deux cultures de bactéries et transférer ainsi les deux vecteurs en même temps dans la tomate. Au final, on pourrait penser qu’on aura une majorité de plantes OGM avec soit un gène, soit l’autre mais le processus est tellement efficace chez la tomate qu’on aura une majorité des plantes obtenues qui auront reçu les deux gènes.

Le processus de transfert de gène est long et complexe mais maitrisé. En gros, on prend des petites et jeunes feuilles de tomate qu’on blesse en coupant, on inhibe de culture de bactéries de transfert, les bactéries vont dans les blessures avant qu’elles ne se referment et vont transférer leur gène d’intérêt dans quelques cellules de la feuille. Ensuite, on maintient ces feuilles dans des conditions in vitro telles que d’une part, les bouts de feuille se régénèrent en plantes entières (c’est la magie des plantes qui peuvent se régénérer in vitro. Théoriquement, avec un bout de feuille d’arbre, on peut régénérer l’arbre). D’autre part, on fait en sorte que seules les cellules  qui ont reçu le gène puisse régénérer et survivre in vitro. Au bout d’une paire de mois, on a des dizaines de petites plantes issues des évènements de transfert de gène et qui donneront des plants adultes. Si les gènes de la ricine ne sont pas toxiques pour ces plants (ils ne le sont pas pour les cellules du ricin dans un certain contexte et là on fait en sorte que toutes les cellules en ont, ce qui peut être génant pour la plante au point qu’elle ne grandisse jamais).

Je le répète, ce processus est relativement long et complexe mais il est maitrisé. J’ai pris l’exemple de la tomate parce que je connais bien le système mais on peut faire ça pour bien des plantes. Pas toutes parce que les processus de régénération et de transformation sont spécifiques à chaque plante, à chaque variété et qu’ils sont longs et difficiles à mettre au point. Seules les plantes d’intérêt (économique et/ou scientifique) ont été sujettes à ce genre de mise au point.

A partir de là, comme mes tomates tueuses ne seront certainement pas sujettes à la commission de génie génétique ou ce genre d’instance, pas besoin de peaufiner pendant des années, ce n’est plus que du jardinage. D’autant plus facilement que c’est pour un usage criminel et qu’il n’y a pas de mesures de sécurité officielles à prendre (genre serre de haut  confinement, etc). Les plantes poussent en serre, on récolte et on sert en gaspacho… Mouahahahah ! En tout et pour tout, y en a pour 6 mois pour la barquette de tomates-cerises tueuses et empoisonner une personne un peu gênante. Le parapluie bulgare ? So 70’s !

(PS : Bordel, qu’est-ce que je m’ennuie…)

30 comments for “Comment créer une variété de tomate OGM au goût mortel ?

  1. JPG
    8 août 2012 at 15 h 09 min

    Bonjour, je viens de tomber par hasard sur votre article qui m’interesse (pas tellement pour la ricine que j’ai bien fréquentée et manipulée il y a quelques années) mais pour le plasmide pMDC32 qui semble etre un outil de routine dans vos labo… je vais etre amené a le manipuler et j’aimerais savoir quelle souche de bacterie vous me conseillez (ou deconseillez du fait de la presence du gene cddB) pour l’amplification de ce plasmide afin de me faire un petit stock. J’ai surfé google mais je n’arrive pas a me faire une idée claire: je dispose de bacterie Jm109, qui tantot paraissent compatibles et tantot imcompatibles…quelle est votre opinion sur la question SVP? Merci d’avance (et… consommez vos tomates avec moderation… la reputation de la ricine n’est pas usurpée!!!)

    • Thomas Guiraud
      8 août 2012 at 16 h 09 min

      Je vous déconseille la JM109 : elle possède la mutation gyrA96 qui certes n’est pas celle qui permet de résister pleinement au ccdB mais qui génère quand même pas mal de background. Xl1-blue, c’est la même chose (même si vous n’en avez pas parlé mais comme c’est aussi une souche courante…).

      Ma préférée, c’est la souche TOP10 qui a été développée initialement pour les clonages dans les vecteurs pZero2 qui utilisent la cassette ccdB avec un promoteur inductible à l’IPTG : la souche TOP10 active de manière constitutive ce promoteur ce qui permet de ne pas s’enquiquiner avec de l’IPTG. Bref, c’est la souche officielle pour bosser avec la cassette ccdB. Pas de mutation « à la con » dans la gyrase, pas de background.

      Sinon, à ma connaissance, il y a aussi une vieille souche, la DH5alpha qu’on trouve assez fréquemment dans les labos mais pour des raisons historiques, je n’ai pas eu à m’en servir.

      En conclusion, le duo gagnant : la souche TOP10 pour faire les clonages Gateway et la souche DB3.1 pour multiplier les vecteurs Gateway vides.

      Et un petit avertissement pour la route : le pMCD32 est chiant à travailler dans la mesure où il possède la résistance bactérienne à la Kanamycine… comme les pDONR…
      Donc à la fin des réactions enzymatiques LR, comme elles ne sont pas efficaces à 100%, on se retrouve avec du pMDC32 recombiné et du pDONR initial qui poussent tous les deux très bien sur Kanamycine… Pour se débarrasser du pDONR initial, soit faut le digérer avec des enzymes de restrictions qui ne coupent pas dans la zone de recombinaison (si dans la cassette d’intérêt…), soit il faut faire une PCR intermédiaire de la zone de recombinaison à partir du pDONR qui contient la cassette d’intérêt. Les deux méthodes fonctionnent, la seconde est moins chiante (mais faut que la PCR soit efficace et ça dépend de votre insert…).

      • JPG
        8 août 2012 at 16 h 44 min

        Merci Thomas pour cette rapide et complete reponse. Ma question portait sur la multiplication du vecteur vide (je souhaite y coller un gene « a l’ancienne » sans passer par le gateway). Je prends bonne note de l’info sur la souche DB3.1. Mais vu vos reserves sur JM109, puis-je conclure qu’en essayant avec cette JM109 un peu « leaky » je peux esperer sortir quelques colonies Kan resistantes et les amplifier en culture liquide histoire de produire un peu de plasmide? Merci de nouveau…et bonne soirée…JPG

        • Thomas Guiraud
          8 août 2012 at 17 h 32 min

          Ca peut se tenter, il me semble l’avoir fait à une époque avec la souche XL1-blue mais comme on avait reçu peu après une commande de DB3.1, mes collègues et moi préféraient partir sur des bases saines. L’idée, c’est que si on repropage du plasmide Gateway dans du JM109, comme ce n’est pas fait pour, on peut toujours redouter une contamination par un autre plasmide résistant à la kanamycine. Avec de la souche DB3.1, on redoute moins…

          Ce que je crains aussi, c’est que le background que j’obtenais avec la souche XL1-blue soit due à la fois à la mutation gyrA96 et à son fond génétique. Fond génétique qui peut-être différent de la souche JM109.

          A une époque, j’aurais tenté : histoire d’économiser et par curiosité mais depuis le temps, je sais que ces essais peuvent être parfois couteux en temps. Et mine de rien, le salaire brut horaire d’un ingénieur ou d’un doctorant fait que le jeu n’en vaut peut être pas la chandelle (combien coute un lot de DB3.1 ?).

          Si vous avez le temps, vous pouvez coller la cassette Tetracycline dans la zone de recombinaison, on trouve cette cassette dans certains kits Gateway (comme contrôle positif). Mine de rien, en échangeant la cassette ccdB contre celle-ci, ça permet de pouvoir manipuler le plasmide dans n’importe quelle souche et à la fin, s’il y a besoin de remettre la cassette ccdB, on ne fait qu’un clonage dans la souche DB3.1 (qui n’est pas une foudre de guerre niveau efficacité de transformation…). C’est ce que j’ai fait pour bidouiller le promoteur d’un plasmide Gateway.

          • JPG
            8 août 2012 at 18 h 20 min

            « …Et mine de rien, le salaire brut horaire d’un ingénieur ou d’un doctorant fait que le jeu n’en vaut peut être pas la chandelle (combien coute un lot de DB3.1 ?)… »

            Touché!!! Je pars a la recherche de la DB3.1…

            Merci encore pour votre aide… et puis tiens, une petite salade de tomates pour ce soir :0)

      • JPG
        11 octobre 2012 at 15 h 05 min

        Coucou Thomas… c’est encore moi et toujours sur le meme sujet!!! J’ai essayé les classiques de laboratoire et aucune bacterie ne pousse apres transformation avec le plasmide pMDC32. Invitrogen ne vend plus la DB3.1 telle quelle maintenant mais une autre souche … et a un prix trop elevé pour ce que je veux faire (je dois surveiller mes finances, plus que mon temps!!). Mon « client » m’a fait parvenir un peu de pMDC32 et me demande de virer la cassette Ccd et chloramphenicol pour la remplacer par un insert de son choix… et ce par restriction et pas par gateway. Ça paraissait facile et je me suis mis au boulot: j’ai l’insert avec sites Spe1 et Apa 1 (PCR a partir d’un autre plasmide donneur)… mais le plasmide pMDC32 ne se digere presque pas: Spe 1 le linearize mais MACACHE pour Apa1 (methylation???)… j’ai depuis subit d’autres echecs avec BamH1, Kpn1 et meme EcoR1 (digestion partielle (maltraitance avec le tampon soude SDS???)). Je suis coincé.. alors je reviens a vous pour quémander un peu de ce plasmide pMDC32 que vous auriez peut etre recombiné par gateway et amplifié en bacteries non methylantes… ainsi je pourrais virer votre insert et mettre le mien (le tout a mes frais a tous les niveaux bien entendu)… HELP PLEASE… passez une bonne soiree…JPG

        • Thomas Guiraud
          11 octobre 2012 at 15 h 33 min

          Malheureusement, je n’ai rien de tout ça dans mon labo actuel (pourtant c’est un labo de microbiologie mais comme ils font peu de biologie moléculaire, très peu de clonages, ils n’ont quasiment rien). Ceci dit, j’ai encore de bons contacts avec mon précédent labo. De mémoire, je ne pense pas qu’ils aient de souches dcm- (non mais ApaI… on cherche la difficulté ^^’ ?).

          Ceci dit, BL21 est dcm- mais il me semble que ce n’est pas très adapté pour la multiplication de plasmides.

          Mais ils ont surement encore un stock de DB3.1 (que je cultivais moi-même pour rendre électro-compétentes).

          Je pourrais enquêter pour voir si je peux pas avoir de la BL21, de la DB3.1 et du pMDC32 (voire du pMDC32 dans de la DB3.1).

        • Thomas Guiraud
          11 octobre 2012 at 15 h 50 min

          Z’avez vraiment besoin du pMDC32 ? C’est seulement pour le promoteur 70S ??? Parce que j’ai des plasmides de transfo stable avec le promoteur 70S, un multi-site de clonage à la papa sans Gateway ni rien. Avec au choix resistance Kana, Hygro ou Basta ^^’ (c’est pas moi qui les ai faits, c’est juste que j’aime bien faire la collec. A ceci près qu’ils sont aussi dans mon ancien labo)

  2. JPG
    11 octobre 2012 at 16 h 46 min

    Wow… c’est du rapide… merci pour vos reponse et eventuellement pour reactiver vos contacts… quand a la necesite absolue pour le pMDC32, je ne sais pas trop (j’imagine que vos plasmide collector sont des shuttle? donc a partir de la si on peu amplifier en coli et les faire travailler dans agro…pour moi pas de probleme…il faudra que j’en parle au chercheur, mais en principe oui, je suis preneur… je repete: vous mettez la bonne volonté ET JE METS L’ARGENT…hors de question que ça vous coute (ou a eux) 1 centime!!! Il faudrait que nous puissions echanger des infos un peu plus perso (sais pas si on peut faire ça sur ce site???…peut etre en PM)… je ne suis pas en France mais j’y retourne la semaine prochaine … peut etre qu’il aurait comme qui dirait, une ouverture???. Bref, pour l’heure si vous avez la gentillesse d’enqueter c’est deja bien et si cela se concretise nous aviserons pour rendre tout ça possible… bonne soiree et encore merci!

    • Thomas Guiraud
      11 octobre 2012 at 17 h 07 min

      L’email avec lequel vous postez est valide ? Si oui je vous réponds dessus tout simplement.

  3. JPG
    11 octobre 2012 at 18 h 44 min

    Oui, l’adresse est valide… et je vous ai contacté a la votre… a bientot.

  4. Valentin
    24 novembre 2012 at 11 h 59 min

    Cher Thomas,
    J’apprécie suffisament ton blog et tes interventions ici ou là, pour me permettre de te donner le conseil suivant:
    Dans l’article: « Les tomates tueuses », tu fais à un moment l’apparté suivant:  » Bordel qu’est-ce que je m’ennuie. »
    Pour des raisons que tu ne comprendrais pas plus, que je n’ai compris ce savant article de biotechnologie; tu dois absolument, et si tu en a la possibilité, retirer ces quelques mots du « champ public ». Je n’ai pas le temps necessaire pour te parler du don d’ubiquité du photon, et tu dois donc me croire sur parole.
    Si tu souscris à mon conseil, je te prie de bien vouloir en observer les subtils effets. Cordial salut…..Valentin.
    PS: ceci vaut pour tous

    • Thomas Guiraud
      24 novembre 2012 at 12 h 15 min

      C’est pourtant la phrase qui est le fondement même de cet article : je m’ennuyais tellement que j’en suis venu à imaginer le sujet de cet article qui ne sert à rien (sauf à discuter avec JPG). Les biologistes ont autre chose à faire que de mettre de la ricine dans une plante et les assassins aussi ^^’

      Si c’est juste pour une question d’image, ce serait me trahir que de lisser mon propos pour mieux l’adapter à un certain auditoire. Mon blog et a fortiori ce billet n’ont pas pour vocation à être partagés sur Linkedin ou Viadeo (ou autre cercle d’initiés) mais plutôt à titiller mon entourage et l’étroite blogosphère qui m’entoure.

      Enlever ma dernière phrase c’est nous trahir, mon public et moi (surtout moi en fait : je ne peux pas présumer de ce que désire tout mon public. La preuve)

  5. Valentin
    24 novembre 2012 at 12 h 41 min

    Tu est libre. Mais sache que ce genre de chose génère, par le fait de sa diffusion, ce que les urluberlus appellent: un « égrégor ».
    Que l’on peut définir comme une sorte de convergence de pensées, dont tu est le centre.
    Le mot est plus pratique que le « dix-huit kilos » d’équations comparées qu’il recouvre.
    je ne doute pas un instant que ton esprit cartésien réfute ce genre d’assertion.
    Il n’est pas question ici de t’adapter à ton public, mais de ton bien-etre personnel.
    J’étais revenu pour dire qu’évidemment tu devrais également supprimer mes deux derniers messages…ça fait beaucoup de « lissage ». Tu est libre….

    • Thomas Guiraud
      24 novembre 2012 at 13 h 20 min

      Pas question de supprimer tes commentaires (du moins pas de mon initiative). Je ne filtre que le spam et je n’en vois pas là. J’ai même appris un truc.

  6. Valentin
    24 novembre 2012 at 17 h 27 min

    Le caractère morbide de l’article, associé à ton aparté, m’a donné à penser que tu n’étais pas au mieux de ta forme psychique lorsque tu l’a rédigé.
    Ce moment appartenant au passé, il n’est pas judicieux qu’il soit réactualisé à chaque lecture de l’article.
    Je serais bien en peine d’expliquer quoi que se soit sur le sujet, mais c’est suite à des faits réels, et vécus, que je me suis permis le conseil.

  7. Diane Roy
    25 avril 2013 at 23 h 41 min

    Dès le début de votre publication vous prétendez qu’il faut se munir de gants pour manipuler la plante ainsi que les graines… C’est FAUX. Nous en avons six dizaines l’an que nous cultivons pour les graines. (C’est une belle plante en pot) L’année derniere on a récolté près de 2000 graines et je ne suis pas encore morte de les avoir récolté mains nues… Dans les livres, c’est bien, mais de vérifier la véracité de ce qu’ils contiennent avant de clâmer que tout ce qu’ils renferment est Pure Vérité…

    • Thomas Guiraud
      26 avril 2013 at 6 h 56 min

      C’est un principe de précaution que je ne renierai pas. Dans la vie de tous les jours, il y a beaucoup de produits potentiellement toxiques que le consommateur manipule (ou avale ou respire) sans précaution alors que le professionnel les prendra. L’automobiliste que je suis est exposé quotidiennement aux gaz d’échappement (et je ne suis pas mort !) mais je manipule des quantités plus infimes sous hôte aspirante pour éviter l’ajouter un risque de plus.

      Quand le manipulateur soupçonne un risque et peut l’éviter, il le fait, c’est aussi simple que ça. Nous sommes formés dès le début à cette gestion des risques même si dans 999 cas sur 1000, cette surprotection ne sert à rien.

    • Thomas Guiraud
      26 avril 2013 at 7 h 17 min

      Un autre point qui semble vous avoir échappé : c’est le caractère caricatural de cette « publication ». La tomate et sa ricine ne sont qu’un prétexte pour parler de transgénèse sous fond de parodie du parapluie bulgare (et encore, je n’avais pas encore visionné la superbe série « Breaking Bad » dans laquelle le protagoniste utilise de la ricine).

      Pour revendiquer le titre de publication scientifique, il aurait fallut que je réalise réellement ces plants transgéniques, que je les analyse, que je vérifie que ces tomates contiennent la substance désirée et que je les teste avec une procédure très carrée (en double aveugle, comme pour les médicaments) sur des orphelins nord-coréens ou des prisonniers syriens (ou terroriste guantanamero), tel un Joseph Mengele des temps modernes.

      Mais je croyais naïvement que mes lecteurs auraient tout de suite compris qu’une publication réellement sérieuse de ce type n’aurait jamais pu être publiée sur ce blog, aussi modeste soit-il, sans que je termine avec des bracelets en inox, nourri à l’eau et au pain sec, jusqu’à la fin de mon existence (ou recruté chez Bachar, c’est selon).

      J’ai tout de même le regret de vous annoncer que même expurgée de toute ricine, les expériences de transgénèses relatées ici nécessitent en réalité de travailler avec des gants et le plus souvent sous conditions stériles.

    • Thomas Guiraud
      26 avril 2013 at 9 h 57 min

      Un peu de Pure Vérité issue de livres :

      http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3087745/

      Un jour, si j’ai le temps, je le traduirais en français.

      Mais on y apprend dans les premiers paragraphes que les cas de toxicité observés avec la ricine l’ont été dans des cas d’ingestion de graines. Dans certains cas, la mort PEUT subvenir à partir de l’ingestion de 2 graines.

      Cet article relate une toxicité non létale advenue à partir de l’ingestion d’une seule graine mais relate dans son introduction que celà peut arriver à partir d’une demie-graine.

      Ils avouent que seule la pulpe de la graine est toxique mais que celle-ci peut être libérée quand la graine est altérée (cassée, coupée).

      Donc non pas de mort violente en manipulant des graines sans gants mais des précautions s’imposent pour éviter des désagréments à ceux qui manipuleront un jour des graines cassées et se rongeront les ongles.

      Je préconise donc toujours des gants et je rajoute même d’éviter de manipuler ces graines sur un plan de travail qui peut servir à préparer de la nourriture ou à la consommer (plan de travail dans la cuisine ou table basse devant la TV ou table de la salle à manger).

    • JPG
      26 avril 2013 at 12 h 08 min

      La réponse de JPG qui n’a pas pu accéder à mon article et m’a encouragé par email à publier ce commentaire en réponse :

      Bonjour,

      Je n’ai plus accès a votre blog (pb technique semble t il.)… alors j’interviens de cette façon juste pour vous signaler les travaux pionniers de Sjur Olsnes sur la toxicité de la ricine (en fait ils étaient 2 mais cela est si ancien que je ne me rappelle plus le nom du collègue… pour avoir travaillé avec la chaine A de la ricine (1000 ou 10000 fois moins toxique que le complexe chaine A + chaine B) et pour avoir vu au microscope l’effet produit sur des cellules a dose homéopathique et en 2 heures d’incubation… je pense que l’usage de gants est effectivement a recommander… ceci dit des milliers de gens ont été traité a l’huile de ricin et il n’y a pas eu mort d’homme… de plus, une cousine proche de la ricine est l’abrine, que l’on trouve dans le noyau d’abricot… j’en ai mangé des tonnes quand j’étais gosse et je suis toujours la pour en parler.

      Comme vous le dites, le principe de précaution s’impose même car l’on ne connait pas tout sur ces toxines.

      Amitiés

      JPG

      Et par les pouvoirs qui me sont conférés, je publie en son nom :) (comme ça, il sera averti d’une éventuelle réponse directe)

      Signé Thomas

  8. Valentin
    26 avril 2013 at 11 h 16 min

    Salut frise en pointe,
    Dis moi: Ce ricin si toxique, on en extrait de l’huile, que je mélangeais à l’époque au méthanol avec lequel je faisais ronfler les moteurs de mes modèles réduits.
    Cette huile est-elle aussi toxique que la graine dont elle est issue ?
    Si non, pourquoi ?
    PS: Hier soir, ton site m’a renvoyé deux fois avec une: 403.
    re-PS: Par fortes chaleurs, je fais le plein de ma bagnole à essence avec un masque à cartouche. On n’est jamais trop prudent..
    re-re-PS: Mon premier voisin qui étais mécano, tripotais ses cloppes avec les mains pleines de cambouhuile; et ban il est mouru jeune du poumon..
    On n’est jamais trop prudent…

    • Thomas Guiraud
      26 avril 2013 at 11 h 49 min

      L’arbre qui cache la forêt ^^

      Je ne pense pas que tu me posais sérieusement la question mais il s’avère que l’article pré-cité y répond « lapidairement » :

      « No ricin is thought to remain in the oil, and it is inactivated during extraction if done under heated conditions. »

      Donc pas de souci, tu peux respirer ton méthanol. D’ailleurs, le méthanol, en fonction des labo, on travaille avec sous hôte aspirante et gants.

      Dans le même ordre d’idée, récemment j’ai travaillé toute une journée à peser des centaines d’échantillons préservés dans du formol. Formol dont la bouteille est affublée d’une belle tête de mort est qui est interdit désormais dans plein d’applications (mais pas toutes…). Je sais qu’il ne faut pas le respirer trop longtemps à telle concentration mais je l’ai fait. En connaissance de cause. J’ai été puni par des muqueuses irrités et une toux pendant plusieurs jours. J’ai peut-être développé un début de leucémie puisqu’il y a des risques aussi faibles soit-il, etc. Mais ces risques, je les connaissais, ils étaient mesurés (relativement) et je les ai pris en connaissance de cause, d’autant plus que je savais que je n’aurais pas à le refaire. Je ne ferais pas ça tous les jours (ni une fois par semaine ou une fois par mois) et je n’autoriserais pas des personnes que j’encadre à faire de même.

      Si cette dame fait le choix de manipuler des tas de graines sans précautions, c’est son choix mais elle n’a pas à décrédibiliser cette mesure de précaution : d’autres personnes ne travailleront pas les graines de ricine de la même manière qu’elle (en terme de gestes, de nombre de graines, de variété de ricine, de présence d’enfants à proximité) ni n’auront pris la mesure du risque en question aussi faible soit-il.

      Merci pour l’info à propos de l’erreur 403, je ne sais pas à quoi c’est dû, une autre personne qui voulait poster un commentaire m’en a fait part. Comme vous êtes au moins deux à avoir eu ce souci, je vais enquêter.

    • Thomas Guiraud
      26 avril 2013 at 11 h 53 min

      OK je crois savoir d’où vient le problème de l’erreur 403 : certaines images que j’utilise sont directement liées à des articles scientifiques en accès payant. Selon d’où on essaie d’y accéder, il peut y avoir un message d’erreur. Je vais bidouiller ça dès que je peux.

      • Thomas Guiraud
        26 avril 2013 at 12 h 05 min

        Voilà, j’ai autohébergé toutes les images de cet article (en toute illégalité bien entendu), si c’était ça l’origine du problème, c’est maintenant résolu.

        Valentin, JPG, si vous me lisez et que vous avez toujours une erreur 403, faites m’en part (thomas@guiraud.co) et donnez moi les détails du message d’erreur, il parait que les origines d’une erreur 403 sont diverses.

  9. Valentin
    26 avril 2013 at 13 h 56 min

    Ah, ok, c’est donc la chaleur qui détruit le toxique. Le toxique des champignons n’est pas détruit par la chaleur, lui.!?§?!
    Toi qui est biologiste tu peut peut-être m’éclairer sur ce fait:
    Plus moyen de trouver de l’alcool à 90° (dont je me sert pour les piquures d’insectes, et autres) Les pharmaciens me disent que c’est pour un problème de fraude en douane, ce dont je doute fortement.
    Il y a bien des gens qui se servent d’alcool à 90°, certainement toi-même. Où se le procurent-ils ?

    • Thomas Guiraud
      27 avril 2013 at 13 h 12 min

      La toxicité d’une molécule est souvent due à sa forme, sa conformation 3D, qui lui permet d’interagir avec d’autres molécules de l’organisme : ce qui les détruit ces molécules « résidentes » ou les empêche d’agir normalement avec d’autres molécules de l’organisme ou les empêche au contraire d’être détruites quand l’organisme n’en a plus besoin, etc, etc.

      La chaleur peut déformer une molécule ou carrément la détruire en la réduisant en molécules de plus petite taille. La plupart des molécules organiques complexes, comme les protéines (exemple : la ricine), ont une forme spécifique à une température donnée (ou une gamme de température plutôt) et il suffit de les chauffer pour les déformer de manière irrémédiable. Ca c’est le principe. Mais il faut comprendre que cette résistance à la déformation/destruction par la chaleur dépend de la nature chimique de la molécule, de sa forme initiale.

      Il y a donc des protéines qui sont résistantes à la chaleur et d’autres très sensibles. Visiblement, la protéine de ricine fait partie des innombrables protéines sensibles à la chaleur mais celle dont tu parles, une mycotoxine, est peut-être plus résistante et peut potentiellement se retrouver intacte après un traitement par la chaleur. Ca peut arriver grâce à deux aspects : soit la forme est tellement solide qu’elle ne se déforme qu’à un traitement très fort, soit la molécule se déforme quand même mais est constituée de telle manière qu’elle retrouve sa forme initiale dès que la température baisse. J’ai deux types de protéines en tête, les prions, responsables de la maladie de la vache folle et de Creutzfeldt-Jakob, qui résistent aux hautes températures et se retrouvent dans les farines animales traitées avec une température trop basse. Dans mon quotidien au laboratoire, il y a les RNAses, ou ribonucléases, qui se reforment après un traitement à la chaleur pas assez intense et détruisent les ARN sur lesquels je travaille. Il faut alors les détruire autrement.

      Y a aussi les molécules des organismes qui vivent à de hautes températures, comme la bactérie Thermophilus aquaticus (étymologiquement « qui aime l’eau chaude ») qu’on a retrouvé il y a des années de ça dans les eaux chaudes du parc Yellowstone. On se doute que ces organismes qui vivent jusqu’à 80°C ont trouvé un moyen pour que les molécules complexes qui les composent gardent leurs formes à haute température.

      En ce qui concerne ta question sur l’éthanol. Effectivement, on se sert quotidiennement d’éthanol concentré à 70, 95 voire 100%. On achète ça pas bidons entiers même dans le plus petit des laboratoires. Et non dénaturé, ça va sans dire. On a le droit parce que les laboratoires ont un statut particulier qui leur permet de le faire, on commande ce qu’on veut en quantité qu’on veut (ou du moins, je n’ai jamais été limité dans ma « consommation » à part sur le plan financier mais c’est loin d’être le produit le plus cher qu’on utilise).

      Il me semble qu’une entreprise qui n’a pas le statut de laboratoire n’a pas le droit de se fournir auprès des fournisseurs (VWR, Sigma-aldrich) qui demandent probablement à montrer patte blanche au début de la constitution du contrat initial.

      Il fut un temps (années 2000) où il fallait que chaque laboratoire tienne un registre de sa consommation d’éthanol et autres produits chimiques sensibles. Et on m’a parlé d’une époque que je n’ai pas connue où il fallait justifier l’utilisation de chaque quantité d’éthanol utilisée.

  10. Valentin
    27 avril 2013 at 19 h 49 min

    Tes histoires de biologiste sont passionnantes. J’ai lu quelque part que le prion avait résisté à 2000°C. Ce que j’ai eu beaucoup de mal à croire.
    Quand on entend parler de protéines, on imagine quelque chose de plutôt mou (la viande). Connait-on les constituants de ces « choses ».
    Si tu a des liens où il y a de la 3D téléchargeable (j’ai « pymol » qui gère pdb,pse)
    De quel log de visu te sert-tu ? Connait-tu un bon log de modélisation?
    Pour l’éthanol, je finirai par me bricoler un alambic. Pour 2L par an, ça doit être jouable.

    • Thomas Guiraud
      2 octobre 2013 at 16 h 04 min

      T’as trouvé réponses à tes questions ? J’ai complètement zappé ton commentaire, désolé…

  11. Valentin
    2 octobre 2013 at 18 h 56 min

    bah, moi aussi j’ai zappé; je suis en pleine installation de « solaire »…
    Et c’est pas du gâteau…
    J’ai lu avec intérêt ton dernier article sur le réseau social pour scientifiques.
    Mais pfiou.. Faut faire gaffe à ce qu’on dépose la-dedans.
    ça me parait être un fameux « micro-espion ».
    A te lire…Te souhaite good trip.

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