Les ARN sont analysés par électrophorèse horizontale dénaturante en gel d’agarose à 1,2 % (p/v).

L’agarose est amené à ébullition dans l’eau, puis refroidi à 50 °C et complété avec une solution FRB 1X (MOPS 20 mM pH 7, acetate sodium 8 mM, EDTA 1 mM) et 6 % de formaldéhyde. Avant d’être déposés sur le gel, les échantillons sont dénaturés pendant 10 min à 65 °C en présence de 10 % (v/v) de FRB 5X, 50 % (v/v) de formamide et 6,5 % (v/v) de formaldéhyde. Les échantillons sont maintenus dans la glace et 0,2 volume de tampon de charge glycérol 30 % (v/v), bleu de bromophénol 0,25 % (p/v), xylène cyanol 0,25 % (p/v) est ajouté. L’électrophorèse est effectuée dans du tampon FRB 1X. Le gel est ensuite lavé pendant 30 min dans de l’eau avant d’être coloré dans une solution de BET à 0,5 μg/mL pendant 15 min. Les ARN sont visualisés sous lumière UV.