Les électrophorèses préparatives sont réalisées en gel d’agarose 1% (p/v).
La procédure d’électrophorèse proprement dite est la même que pour l’électrophorèse analytique
Les fragments d’ADN sont découpés au scalpel après migration et purifiés par fixation de l’ADN sur des billes de silice après dissolution de l’agarose à 50°C en utilisant le kit « Qiaex II » de Qiagen, selon les recommandations du fournisseur.