Présentation de pDRAW32 :

pDRAW32 est un logiciel gratuit, un freeware. C'est-à-dire qu’on peut le télécharger et l’utiliser gratuitement mais contrairement à un logiciel libre (lui aussi gratuit la plupart du temps), on ne peut pas le modifier, se le réapproprier pour le revendre. Ce n’est pas tellement important pour ce qui nous concerne mais par exemple, on ne peut pas le traduire en français et diffuser cette traduction sur internet, à l’insu de son créateur. Cet aspect peut aussi être potentiellement embêtant puisqu’en le déclarant freeware, son créateur se réserve ainsi le droit de le rendre payant un jour ou l’autre (comme ce fut le cas du logiciel Vector NTI). A ce jour, je ne connais pas de logiciel libre jouant le rôle de pDRAW32 mais je n’ai pas vraiment cherché non plus…

pDRAW32 est un logiciel permettant principalement de présenter une séquence d’ADN sous une forme graphique (paramétrable) mais aussi de faire quelques analyses de base comme la détection de sites de restriction, de site d’amorçage de primers, de cadres ouverts de lecture, etc. Au niveau des graphiques, il est moins flexible que Powerpoint (ou qu’un logiciel de dessin…) mais il y a des choses automatisées ce qui le rend plus facile de manipulation.

En gros, ça permet de passer de données comme celles-ci : http://genome-www.stanford.edu/vectordb/vector_descrip/COMPLETE/YEP24.SEQ.html

A ça :

Installation :

(pour les PC, j’aime pas les MAC :p)

On trouve ce logiciel sur le site http://www.acaclone.com/ plus particulièrement sur cette page-là : http://cellbiol.com/acaclone/download/pDRAW32setup.zip Il faut décompresser le fichier résultant du téléchargement grâce à un logiciel de décompression comme Winzip (le plus connu) ou 7zip (gratuit et plus flexible, http://www.7-zip.org/). Si le logiciel de décompression ne crée pas directement un dossier, créez en un que vous effacerez par la suite : parmi les 3 fichiers décompressés, double-cliquez sur setup.exe et suivez les instructions. Normalement, à la fin, le logiciel est installé dans le dossier « Program Files » et vous avez un raccourci sur le bureau à partir duquel vous pouvez lancer l’application.

Mise à jour :

Ce logiciel est régulièrement amélioré par son créateur (parfois en fonction des doléances qu’on peut poser sur le forum officiel http://www.acaclone.com/forum/) et le logiciel demande à être mise à jour à peu près tous les 6 mois. Dans ce cas là, il le signale avec une petite fenêtre qui s’ouvre au démarrage et quelques fonctionnalités ne sont plus disponibles jusqu’à ce qu’on mette le logiciel à jour.

C’est assez simple à faire, il suffit de se rendre sur le site internet (dont l’adresse figure sur la fenêtre d’alerte) sur la page « upgrading » (http://cellbiol.com/acaclone/download/upgrade.htm) et de télécharger/décompresser les fichiers disponibles (normalement le fichier pDRAW32.zip suffit). Personnellement, voici comment je fonctionne : j’ai créé un sous-dossier « update » dans mon dossier « Program Files/pDRAW32 » :

J’y télécharge les fichiers compressés (ils sont petits, c’est rapide) et comme les fichiers sont toujours nommés de la même façon, ils s’écrasent au fur et à mesure des mises à jour de manière à toujours avoir les fichiers les plus récents.

Ensuite, je copie/colle les fichiers décompressés dans le répertoire parent, c'est-à-dire « Program Files/pDRAW32 » :

Ca y est, la mise à jour est finie. Si tout s’est bien passé, toutes les fonctionnalités de l’application devraient être à nouveau être disponibles.

Prise en main avec une première séquence :

Comme exemple, on va essayer d’obtenir la carte de plasmide présentée sur la page d’accueil d’Acaclone et ce à partir des données de séquence

Après avoir démarré pDRAW32, dans le menu en haut à gauche, cliquez sur « File », « New » puis « Enter new sequence » : une fenêtre vide s’ouvre vous invitant à coller quelque chose :

Sélectionnez la séquence d’intérêt sous sa forme brute (le format FASTA est idéal mais pas nécessaire, vous pouvez tout aussi bien copier/coller une séquence de Genebank avec les numérotations, espaces et retours à la ligne) et collez là dans la fenêtre « New sequence » et validez :

Par défaut, votre séquence est linéarisée, sans nom (mis à part « New DNA entry »…) ni annotations. Ceci dit, plusieurs choses sont automatiquement affichées :

•    Les ORFs les plus remarquables (on peut paramétrer cet aspect) sont indiqués automatiquement par des flèches.

•    Les sites de restrictions coupent une (en bleu) à deux fois (en rouge) sont positionnés sur la séquence avec le nom de l’enzyme, la position de la coupure et le site de reconnaissance.

•    La couleur de la séquence indique le pourcentage en GC (indication de présence de séquence codante ?).

•    Les amorces qui s’hybrident sur la séquence.

On peut modifier cet affichage très facilement grâce à ces cases en haut à gauche :

Maintenant, il faut annoter la séquence ne serait-ce que pour lui donner un nom : dans le menu, cliquez sur « Edit » puis « DNA name, properties and annotations ». Une fenêtre « DNA information » s’ouvre et présence 4 onglets :

L’onglet « DNA information » qui permet de modifier le nom de la séquence, de la circulariser ou non et de modifier la police de caractère du nom :

L’onglet « Annotation data » qui permet d’afficher les domaines remarquables (les ORFs, les origines de réplication, les promoteurs, les inserts) et les sites particuliers (avec le système des tick marks). Pour ça, il suffit d’indiquer le début et la fin du domaine, son nom, son type et son orientation et de cliquer sur « Add ». Pour modifier une annotation, il faut la sélectionner, modifier ses propriétés puis cliquer sur « update ».

Sur la représentation graphique de la séquence, il n’y a pas de différence fondamentales entre l’affichage des inserts, des promoteurs et des origines de réplication : ce sont des rectangles sans orientation définies (alors que les ORFs sont représentés sous forme de flèches pour lesquelles l’orientation a une signification). L’intérêt d’assigner un promoteur, une origine ou un insert à une portion de séquence, c’est qu’on peut donner une couleur particulière à chacun de ces types via les Settings/Default plotting styles

L’onglet « Annotation style » : Permet tout simplement de modifier l’apparence de chaque annotation quel que soit son type. Idéal pour différencier des annotations selon leur rôle plutôt que selon leur type (exemple : expression dans la plante ou dans la bactérie).

Notez le paramètre « Radius » qui permet de positionner une annotation sur le rayon (donc par rapport à la représentation de la séquence : si ce paramètre est inférieur à 100%, l’annotation sera à l’intérieur du cercle/couronne que forme la séquence (ou sous la ligne si la séquence est linéarisée). Si ce paramètre est supérieur à 100% l’annotation sera située à l’extérieur du cercle. Si le paramètre est égal à 100%, l’annotation se place dans le prolongement du cercle. Tout ceci peut servir à superposer plusieurs annotations sur la même position.

L’onglet « Special » : onglet le moins informatif de prime abord mais il permet d’automatiser un peu la création d’annotation. Avec « Create annotations from ORFs », tous les ORFs de la séquences sont annotées automatiquement avec un nom « ORF from xxx to yyy » qu’il suffit de modifier. « Import list » est une utilisation (trop ?) avancée qui permet d’importer des annotations inscrites sur un fichier texte. Le problème c’est que le format n’est pas celui qu’on trouve sur genebank mais on peut potentiellement utiliser cette fonction pour automatiser l’annotation de séquences.

Pour mettre en forme cette séquence d’essai de la même manière relativement simplement, on utilisera l’onglet « annotation style » (mais on peut aussi utiliser les paramètres généraux « Settings » > « Default plotting style » > onglet « Annotations », ori et 2µ étant des origines (de réplication) et URA3, amp et tet des ORFs)

A ce stade, 5 ORFs de taille diverses apparaissent à l’écran au lieu des 3 qui existent réellement (ceux des 3 gènes de résistance/autotrophie). pDRAW détecte automatiquement les ORFs putatifs d’une taille minimale qu’on peut paramétrer. Pour faire uniquement apparaître des 3 qui nous intéresse, nous réglons ce paramètre sur la taille du plus petit ORF (~500pb). Ce paramètre se trouve dans « Settings » > « Analysis  setup » > onglet « Functional ».

Il ne reste qu’à modifier les sites de restriction d’intérêt :

De base, les sites de restriction qui apparaissent sur la séquence sont ceux qui coupent 1 (en bleu) à 2 fois (en rouge). Par défaut, on voit leur nom, leur site de reconnaissance, la position de la coupure (et non de la première base du site) et, le cas échéant, la sensibilité à la méthylation.

Sur la carte plasmidique que nous essayons de reproduire, il y a seulement les noms et position des sites de restriction. On modifie ces paramètres dans le « Default result setup » > onglet « plot data » en ne laissant cochée que la case « plot positions in bp » :

Pour ne sélectionner que les sites d’intérêt, il faut opérer en 2 étapes :

Désélectionner les sites par défaut (coupant 1 à 2 fois) : aller dans « settings » > « Enzyme selection » et cocher « Explicitly selected enzymes only ». Il n’y a plus aucun site apparaissant sur la carte étant donné qu’aucune enzyme n’a encore été sélectionnée :

Il faut aller ensuite dans l’onglet « Explicitly select » choisir le panel d’enzymes d’intérêt. Il suffit alors de cliquer sur chacune de ces enzymes et de faire « apply ».

Et voilà, c’est fini !

Utilisations avancées :

A suivre…