• Muscle: Alignement multiple de séquences (ADN ou protéines) qui fonctionne un peu différemment de Clustal et qui a le mérite d'aligner plus efficacement des séquences partielles ou divergentes (et qui peuvent donc servir de base de travail pour le logiciel MEGA qui demande de bons alignements).
• MEGA (MEGA4) : Logiciel à télécharger qui fait de beaux arbres phylogénétiques.
• Bioedit: Logiciel de gestion de séquences (alignement, comparaison, etc.).
• pDRAW32: Logiciel de dessin de plasmides et séquences nucléiques. Tutoriel.
• PerlPrimer: Logiciel gratuit de design d'amorces.
• Primer3: site de design d'amorces.
• Jabref: Logiciel gratuit de gestion de bibliographie.
• The GIMP: Logiciel gratuit de retouche d'images.
• Quadsearch: Calcul du H index
• AutoDimer Online : Analyse en batch des propriétés physico-chimiques d'amorces nucléotidiques. Existe en version téléchargeable.
   

    Bases de données diverses

•  SalmonDB : données de séquençages et de banques EST pour les salmonidés.