Méthodes d'extraction

Modes opératoires ayant pour objectif d'obtenir un extrait enrichi en molécule d'intérêt à partir d'un matériel brut (feuille, bactéries, etc.).

• Extraction d'ADN génomique (du plus facile au moins facile) :
  • Tabac : Méthode de Vallejos et al. 1992.
  • Tomate : Méthode hybride de Thomas, Méthode longue de Mehdi, Méthode de Dellaporta et al. 1983 (à mettre en forme).
  • Arabidopsis :
    • Méthode très rapide d'Adrien.
    • Méthode rapide de Michel (Méthode originelle d'Edwards (à mettre en forme)).
    • Méthode de Fred D. (basée elle aussi sur celle d'Edwards avec des volumes et coups de main un peu différents).
    • Extraction au DNAzol.
• Extraction d'ARN totaux (au trizol avec pistons, trizol au Ribolyser/FastPrep, au phénol chaud (pour Tabac, pour tomate (à mettre en forme)) Extraction d'ARN totaux de Fraisier.
• Extraction d'ADN plasmidique au PEG-MgCl2 (pour séquençage), par lyse alcaline (pour analyse de restriction).
• Extraction de Taq polymérase.
• Extraction d'ADN microbien à partir de sol : protocole Genosol, variante Thomas.
• Extraction d'ADN de virus bactériophage.

 

Méthodes de purification

Techniques visant à améliorer la pureté d'un produit la plupart du temps déjà sous forme d'extrait.

• Déprotéinisation au phénol/chloroforme
• Précipitation de l'ADN : à l'acétate de sodium, à l'acétate d'ammonium, au PEG-NaCl, au PEG-MgCl2
• Purification d'ADN microbien brut issu de sol : protocole Genosol, variante Thomas.

 

Méthodes de modification

• Ligation de fragments d'ADN avec la T4 DNA ligase
• Digestion enzymatique d'ADN avec des endonucléases de restriction (à mettre en forme)

Méthodes d'analyse

• Electrophorèse analytique d'ADN (à mettre en forme)
• Electrophorèse analytique d'ARN (à mettre en forme)
• Réaction de PCR (Yellow Taq), autres mix de PCR (iProof, GTaq)
• Réaction de RT (à mettre en forme), Reverse Transcription ImProm-II
• Electrophorèse préparative d'ADN (à mettre en forme)
• Techniques de transfert sur membrane : Southern Blot (à mettre en forme), Northern Blot (à mettre en forme), Western Blot
• Hybridation moléculaire avec une sonde radioactive (à mettre en forme)